Впервые барьер второго раунда «Нефтчи» удалось преодолеть в Кубке Интертото, где он выступал лишь раз. 21 июня 2008 г. команда главного тренера Анатолия Демьяненко в первом квалификационном раунде обыграла дома словацкий клуб «Нитра» со счётом 2:0. В ответном матче, состоявшемся 28 числа, «Нефтчи» проиграл со счётом 1:3, но благодаря гостевому голу пробился в следующий раунд.

Не с лёгкостью была преодолена также преграда «Жерминал» во втором квалификационном раунде. Сыграв 5 июля в Бельгии вничью (1:1), флагман через неделю в домашнем матче одержал победу с минимальным счётом (1:0) и пробился в следующий раунд.

В первом матче данного этапа «Нефтчи» обыграл румынский клуб «Васлуй». Этот матч, состоявшийся 19 июня на Республиканском стадионе, завершился со счётом 2:1. Однако 26 числа наша команда потерпела поражение в гостях со счётом 0:2, и приостановила борьбу.