Завершив прошлый чемпионат с медалью, «Нефтчи» усердно готовился к следующему сезону. Первым команду покинул Отар Коргалидзе, так как главный тренер предпочитал легионеру в возрасте местного, молодого таланта.

Кроме того, команду покинули Мирбагир Исаев и Афган Талыбов. Взамен, после годичного пребывания в Израиль и Мингечевир в «Нефтчи» вернулся Самир Алекперов. Также к «черно-белым» присоединился Владимир Туаев.

После годового перерыва разногласия между «Нефтчи» и АФФА возобновились. Целью на этот раз был не Айдын Ибрагимов, а Расим Рафиев. Президент АФФА Фуад Мусаев открытым образом набросился на него в прессе, и даже добился того, чтобы Расиму Рафиеву противостояли также руководители «Карабаха», «Кюр-Нура» и других клубов. Фуад Мусаев даже удосужился вмешаться во внутренние дела клуба и потребовал у «Нефтчи» уволить Рафиева, пригрозив, в противном случае, исключить клуб из чемпионата. Несмотря на все давления, Рафиев остался в команде, и продолжил оказывать клубу финансовую помощь.

Опережая события можем отметить, что давлению со стороны АФФА подвергся не только вице-президент клуба, но и главный тренер и игроки. Причины сентябрьского поражения сборной в матче с Францией со счетом 0:10 АФФА также искала не в себе, а в тренере и игроках. Это в очередной раз подтвердилось на состоявшемся в сентябре заседании Исполнительного комитета АФФА. На этом заседании Вагиф Садыгов подвергся сильной критике. По словам Фуада Мусаева, Садыгов «не умеет правильно работать с молодёжью в клубе, уничтожает талант молодых игроков». И по этой причине не могут должным образом продемонстрировать свои футбольные качества Бахтияр Мусаев и Мирбагир Исаев.

Решением Исполнительного Комитета Вагиф Садыгов был отстранён от должности тренера сборной команды, и лишён лицензии. Более того, «Нефтчи» было поручено уволить Садыгова с поста главного тренера. Из футболистов Бахтияр Мусаев получил трёхлетнюю дисквалификацию, а Самир Алекперов, Юнис Гусейнов и Эльхан Гасанов были условно наказаны до конца сезона и исключены из сборной.

АФФА внесла изменение в регламент по проведению 5-го чемпионата. Так, чемпионат вновь проводился по двухэтапной системе. Вначале командам предстояло провести предварительный этап из двух кругов. Во втором этапе команды должны были бороться за 1-6 и 7-12 места. Причём, команды должны были приступить ко второму этапу не с нуля, а с золотыми очками. Это служило тому, чтобы команды выходили на каждый матч с усердием.

Невзирая на все давление, «Нефтчи» начал чемпионат очень уверенно. Бакинцы в первых одиннадцати матчах сыграли, не познав горечи поражения, и проиграли лишь в 12-м туре в Товузе.

Серьезные кадровые изменения в команде произошли именно в период зимнего перерыва. Не выдержав давления, Вагиф Садыгов подал в отставку. Главным тренером «Нефтчи» был официально назначен Асиф Алиев, и тут начали проявляться своеобразные законы азербайджанского футбола. Асиф Алиев официально считался главным тренером. Но по факту это было не так. Командой руководил тогдашний главный тренер национальной сборной Казбек Туаев, а Асиф Алиев и Беюкага Агаев были его помощниками. Кроме главного тренера, команду покинули и некоторые игроки. Братья Физули и Хагани Мамедовы отправились в Ростов. Назим Алиев, являющийся одним из лидеров линии нападения команды, перешёл из бакинского клуба в «Карабах». Бахтияр Мусаев был призван на воинскую службу, и начал выступать за СКА. Кроме вышеупомянутых, команду покинули также Али Абушов, Гуламмирза Асадуллаев и Камиль Байрамов. Взамен, в клуб были привлечены несколько сильных игроков. Из «Турана» в Баку перебрались Ильхам Мамедов и Видади Рзаев. Расим Абушов также перешёл из «Карабах»а в «Нефтчи». Команда, потерпевшая столь серьёзные кадровые изменения, не собиралась сойти со своего пути.

Новому тренерскому составу удалось продолжить работу Вагифа Садыгова. Однако, команда, выполняющая миссию по переходу во второй этап, прибегла к некоторым турнирным тактикам. Так, большее внимание «Нефтчи» уделял матчам, приносящим золотые очки, и порой неожиданно терял очки в играх со слабыми командами.

«Нефтчи» завершил предварительный этап чемпионата на 5-м месте. По количеству золотых очков команда уступала «Кяпяз»у на 2, а «Хазри» – на 1 очко.

По решению АФФА, матчи второго этапа проводились между командами, претендующими на медали, в Баку и Сумгаите. И делалось это для того, чтобы команды соревновались в одинаковых условиях. Из команд, вышедших в финальный этап, чемпионат можно было считать практически завершенным только для «Кюр-Нура». Каждая из оставшихся пяти команд имела шансы на получение золотых медалей. Это предвещало напряжённое продолжение чемпионата. После начала финальных игр стало известно, что «Карабах» не готов к столь напряжённой борьбе, и агдамцы выбыли из борьбы. Оставшимся четырём командам предстояло разыгрывать медали между собой.

«Нефтчи» уверенно стартовал во втором этапе. Однако, первое поражение команда потерпела от «Кяпаза». Любопытно, что соперником в обоих матчах, завершившихся поражением «Нефтчи» во втором этапе, был именно «Кяпаз». Однако, с другими соперниками «черно-белые» сразились более успешно, и сыграли без поражений. В результате «Нефтчи» завоевал золотые медали, и таким образом, флагман стал чемпионом во второй раз. Видади Рзаев, выступивший в чемпионате на высочайшем уровне, был признан лучшим игроком сезона.